Запущена крупнейшая онкологическая база данных

Специализированный ресурс CanSAR объединяет огромное количество историй болезни, данные клинических испытаний, генетических и фармакологических исследований. В общей сложности база содержит результаты примерно 1,7 млрд медицинских экспериментов за последние 10 лет, сообщает New Scientist. Ресурс разработали специалисты лондонского Института изучения рака. Sk.ru поинтересовался у Татьяны Никольской, гендиректора «РосГенДиагностики» (резидент биомедицинского кластера «Сколково»; компания разрабатывает технологию для ранней диагностики, подбора индивидуальных комбинаций препаратов и персонализированной медицины в области онкологических заболеваний), насколько полезной для исследователей окажется эта база данных.

Объем информации, получаемой в ходе биологических, химических и медицинских исследований, растет с колоссальной скоростью. Данные разных типов обычно хранятся отдельными многочисленными ресурсами и базами данных. Чтобы собрать интересующие сведения, исследователям зачастую приходится пересмотреть десятки таких источников. При этом полноценный комплексный анализ информации вызывает большие сложности. Поэтому в настоящее время на первый план выходят вопросы хранения, систематизации и интеграции разноплановых данных.

Новый ресурс CanSAR разработан для того, чтобы совместить геномику, транскриптомику, фармакогеномику и многие другие типы биологических и химических данных в применении к онкологии. Этот проект крайне важен и должен существенно помочь исследователям в понимании природы онкологических заболеваний и поиске способов борьбы с ними.

В то же время простого объединения источников информации и инструментов анализа недостаточно для создания платформы, которая существенно ускорила бы поиск новых лекарств и биомаркеров, помогла бы определять пациентов, для которых новое лекарство будет работать либо окажется неэффективным, или же вызовет токсичность. Для того, чтобы в составе такой платформы могли применяться сложные алгоритмы анализа, база данных должна включать метаданные, объединенные различными биологическими онтологиями, общей семантикой и принципами построения биологической сети.

Именно с этой целью мы планируем запустить на базе МФТИ проект по разработке научно-исследовательской платформы нового поколения. Идея в том, чтобы не только собрать по кусочкам разрозненную информацию и связать ее в единое целое, но и дать исследователям возможность и инструменты для свободного анализа собственных экспериментальных данных в контексте накопленной информации. В ходе проекта мы будем активно сотрудничать с уже существующими ресурсами, такими, как CanSAR, CaBIG, tranSMART, для того, чтобы в скорейшем времени дать мировому научному сообществу столь необходимые решения.